80386有四个32位的控制寄存器，他们是：CR0、CR1、CR2和CR3。CR1保留，用于今后开房的处理器使用，在80386中不能使用CF1，否则将引起无效指令操作异常；CR0包含指示处理器工作方式 的控制位，包含启用和禁用分页管理机制的保护控制位，包含控制浮点协处理器操作的控制位；CR2和CR3由分页管理机制使用。CR0中的位5~位30及CR3中的位0~位11是保留位。必须置0。控制寄存器CR0的低16位等同于80286的机器状态字MSW。
    控制寄存器CR0中的位0用PE标记，位31用PG标记，他们分别控制分段和分页管理机制的操作。 所以，把它们成为保护控制位。PE用于控制分段管理机制。当PE=0时，处理器运行于实模式；PE=1时，处理器运行于保护方式。PG用于控制分页管理机制，PG=0时禁用分页管理机制，此时分段管理机制产生的线性地址直接作为物理地址使用，PG=1时，启用分页管理机制，此时线性地址经过分页管理机制转换成物理地址。
    只有在保护模式才可启用分页机制。所以尽管两个位分别为0和1，可以有四种组合，但是只有三种组合方式有效，PE=0且PG=1是无效的组合。
    控制寄存器CR0中的位1~位4分别标记为MP（算术存在位）、EM（模拟位）、TS（任务切换位）和ET（扩展类型位），它们控制浮点协处理的操作。
    控制寄存器CR2和CR3由分页管理机制使用。CR2用于发生页异常时报告出错信息；CR3用于保存页目录表的起始物理地址。